IPL leke tedavisi yönteminde ortaya çıkan yan etkiler genelde minimal boyutlardadır ve bunların geçici olduğu söylenmektedir.
IPL leke tedavisi yöntemi ile tedavi esnasında birtakım ağrılar meydana gelmektedir. Ancak bu ağrılar soğutma sistemleri ya da lokal anestezik kremler ile ortadan kaldırılabilmektedir. Bunun yanında uygulama sonrasında deri genelde pembe bir renk almaktadır ve bu pembelik bazen kızarıklık gibi görünmektedir. Ancak bu anda endişe edecek herhangi bir durum yoktur.
Diğer yandan ilgili bölge güneşe maruz kaldığında kızarıklıkların oluşması muhtemel boyutlarda karşımıza çıkmaktadır. Bunun yanında yine güneşin etkisi ile soyulma ve şişmelerin ortaya çıkması da mümkün olabilmektedir. Ancak yine bu oluşumlar da güneşte kalınmaya devam etmedikçe bir ya da iki saat içerisinde kaybolabilmektedir. Ayrıca tedavinin gerçekleştirildiği bölge üzerindeki kıllar bu uygulama sonrasında yok olabilmektedir. Soln olarak IPL leke tedavisinin başka bir yan etkisinin de derinin suyu fazla emmesi ile su toplamaları oluşacağı şeklinde olmaktadır.